La chiesa venne edificata nel corso del IX secolo tra la via Portuense e la sponda destra del Tevere, su una preesistente struttura sepolcrale romana risalente al II-III secolo d.C. Tutto ebbe inizio con la custodia delle reliquie di due martiri di Alessandria d'Egitto, Abbaciro e Giovanni, qui collocate nel V secolo. Il complesso costituisce oggi un raro ed importante esempio di stratificazione e riuso di diversi monumenti. Esso è infatti costituito da tre distinti piani sovrapposti quali la chiesa odierna, una cripta usata quale luogo di sepoltura dei due martiri  e oratorio nell'VIII secolo e, più in basso, dalla tomba ipogea.  La chiesa fu poi dedicata ai Santi Ciro e Giovanni (da cui la corruzione in Passera) e fu in uso dal Medioevo ad oggi. Conserva gli importanti affreschi della chiesa superiore eseguiti tra il IX e il XIII secolo e le strutture dei due livelli ipogei che saranno oggetto della nostra visita. Una vera rarità da non perdere.